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No nos es difícil comprender atendiendo a la importancia de la parte de nuestra anatomía donde se produce la escisión, la delicadeza y la precisión con la que debe llevarse a cabo dicha operación. Podríamos suponer que a estas alturas de la medicina, con tantos y tan destacados avances en cirugía de los que estamos siendo testigos, la trepanación no produjese más problemas que otro tipo de intervención más o menos delicada.
Los cráneos trepanados más antiguos que se conocen de la época Mesolítica fueron hallados por Gorhman en Ukrania (1966). En estas excavaciones se hallaron cráneos de hace 8.020 o 7.620 años de antigüedad. En la época neolítica el cráneo de Ensin en Alsacia con dos defectos parcialmente cicatrizados tienen una cronografía de 5.100 +/- 155 años.
En Egipto se conservan algunos trépanos de entonces. En la actualidad el fragmento óseo que se extrae vuelve a ocupar su lugar una vez terminada la intervención, aunque se puede sustituir con otros materiales, como metales o cementos especiales. Evidentemente esto era impensable en el antiguo Egipto. Los fragmentos extraídos eran conservados como amuletos religiosos y alguno de esos discos de hueso colgaban de los cuellos de los Egipcios.
Sin duda presenciar una trepanación faraónica debía resultar estremecedor. Durante un tiempo era costumbre entre los faraones, ser trepanados antes de morir. Era la misión del médico de la corte, el trépano y el hemostático (hemo de sangre y estático de detener, es decir, era el encargado de detener el flujo sanguíneo). Además, este puesto de hemostático real era heredadas de padres a hijos, ya que según sus creencias la virtud de detener el flujo de sangre perpetuaba de una generación a otra dentro de la misma familia. Hay teorías que explican esta costumbre diciendo que se pensaba que su alma abandonaría mejor el cuerpo.
Si la trepanación tenía como fin extirpar un tumor cerebral, el primer paso era localizarlo lo más exactamente posible. Para ello el médico se valía de un modernísimo mazo, muy parecido a los que hoy día se utilizan en la cocina.
Golpeaba lentamente y con precisión el cráneo del paciente. Cuando este emitía un alarido de dolor, ya no cabía duda, acababa de localizar el tumor. Solo le restaba utilizar el trépano para cortar el hueso y alcanzar el cerebro. Una vez el tumor estuviese a la vista, sencillamente se cortaba y se sacaba. Después se limpiaba la herida y se encomendaba el éxito de la intervención a los dioses egipcios.
Así terminaba la trepanación. A veces con un cadáver en la mesa de operaciones pero otras muchas el paciente se recuperaba y volvía a su vida normal.
Las trepanaciones que salvaron la vida del paciente se pueden reconocer por la evidencia de regeneración ósea, que indicaba la supervivencia del sujeto después de la intervención. Con el microscopio electrónico se puede identificar el tipo de instrumento usado: madera, piedra o metal por los residuos que dejan los instrumentos en el hueso.